صورة من سنة 1888 تظهر بئر زمزم وقد بنيت فوقه قبة

وكانت بئر زمزم في بدايتها محاطة بسور من الحجارة حتى عصر أبي جعفر المنصور، فكان أول من شيّد قبة فوق بئر زمزم، ثم تتالى بعده تزيين البئر ومحيطها بالرخام والفسيفساء. وقد اهتم العثمانيون بتجديد عمارة قبة البئر، وكانت أكبر عملية تجديد في عهد السلطان العثماني عبد الحميد الثاني، وذلك قبل توسعة الحرم المكي وتغيير مكان البئر وتوصيل مائها إلى مكانها الجديد في الجزء الشرقي من الحرم المكي.
وتقول هيئة المساحة الجيولوجية السعودية إن بئر زمزم تبعد حوالي 20 مترا عن الكعبة المشرفة في اتجاه الشرق، وتغذيها ثلاث جهات رئيسة، إحداها من جهة شمال الغرب، والثانية من جهة الشرق، والثالثة من جهة الجنوب، ويعد الموقع الجغرافي لبئر زمزم المباركة من المعجزات، لكونه في منطقة مباركة بجوار البيت الحرام، ويعد أخفض نقطة في منطقة الحرم المكي الشريف داخل حوض وادي إبراهيم الذي وصفه المولى عز وجل بأنه وادٍ غير ذي زرع.